В 1916 году в Самарской епархии насчитывалось около тысячи церквей (в т.ч. 13 соборных), 19 монастырей (12 женских и 7 мужских) с количеством монашествующих и послушников более 3 тыс. человек.[6] В епархии действовало 1059 приходских двухклассных школ и 12 ремесленных училищ при монастырях, в которых обучалось 69 тыс. 729 человек. Именно Церковь несла основную заботу о начальном образовании населения, особенно сельского. В епархии насчитывалось 967 церковных библиотек, в которых насчитывалось 143 тыс. книг различного содержания. Не забывали и о делах милосердия. Епархия содержала 7 богаделен и 2 пункта бесплатной раздачи еды.

Революция 1917 года нанесла тяжелый удар по Русской Православной Церкви. После издания Декрета об отделении Церкви от школы была разрушена система церковно-приходских школ, готовилось закрытие Самарской Духовной семинарии. Свои коррективы внесла гражданская война. В мае 1918 года вспыхнул мятеж Чехословацкого корпуса, 8 июня большевики оставили Самару, где было провозглашено создание Комитета Членов Учредительного собрания (КОМУЧ), объявившего себя Всероссийским правительством. Прекратились гонения на Церковь, активизировали свою работу православные братства, это был кратковременный период расцвета духовной жизни в Самаре. К сожалению, он продолжался недолго.

В октябре 1918 года Чехословацкие войска и Народная армия КОМУЧа оставили территорию Самарской губернии. Вступившие туда красноармейцы вымещали свою злобу на мирном населении. Особым репрессиям подверглось духовенство. На кол был посажен проживавший в Самаре на покое викарный епископ Новгородской епархии Исидор (Колокольцев), утоплены в Волге священники церквей города Ставрополь-на-Волге, зарублены шашками священники села Борского, в Бугуруслане принял мученическую смерть священник Константин Сухов. Была закрыта Самарская Духовная семинария, многие ее преподаватели и выпускники были репрессированы.

Введение НЭПа вызвало определенную либерализацию политической и культурной жизни страны. Однако, Русской Православной Церкви была объявлена беспощадная война вплоть до ее уничтожения. В стране в 20-е годы открывались старообрядческие и баптистские приходы, проводили свои и съезды и издавали журналы различные сектантские организации, но православных священников продолжали арестовывать и отправлять в лагеря и ссылки. Особая ставка была сделана на разложение Церкви изнутри. Используя группу морально нечистоплотных священников во главе с протоиереем Александром Введенским органы ГПУ спровоцировали обновленческий раскол. Обновленцы полностью попирали канонические правила и вели беззаконную жизнь, одновременно заявляя о полной лояльности к Советской власти, а некоторые даже пытались видеть во Христе первого коммуниста на Земле. Именно им передавались церкви и материальные ценности, изъятые у православных.

С 1919 года по 1920 год епархией управлял архиепископ Филарет (Никольский). Именно в его правление большая часть самарских храмов была передана обновленцам, которые развязали оголтелую кампанию клеветы против Православия. Владыка Филарет, как мог, боролся с ними, но по доносу обновленцев был арестован, подвергнут страшным истязаниям в застенках ЧК, и умер в концлагере на Севере страны. С 1922 года по 1928 год Самарской епархией управлял епископ Анатолий (Грисюк), возведенный в 1923 году в сан архиепископа. Он был ограничен в передвижениях по епархии, а в 1924 году арестован и выслан из Самары. Несколько лет епархия была фактически вдовствующей. В 1928 году архиепископ Анатолий был переведен на Одесскую кафедру, где через 10 лет принял мученическую смерть за Христа.